Baharat Çarşısı (Mısır Çarşısı olarak da bilinir), İstanbul’daki Yeni Camii Külliyesi’nin (Osmanlı mimarisinde bir yapı kompleksi) bir parçası olarak inşa edilmiştir.
Yeni Cami binasının yapımına 1597 yılında Padişah III. Murad’ın eşi Safiye Sultan’ın emriyle başlanmış ve 1663’te tamamlanarak Osmanlı İmparatorluğu tarihinde en uzun inşaat dönemine sahip cami olarak kayıtlara geçmiştir.
Safiye Sultan, yaptıracağı külliye için kentte uygun bir yer ararken, İstanbul’un, tüm prestijli bölümleri önemli yapılarla kaplanmıştı. Bu nedenle, yapının İstanbul’un Haliç sahilinde bulunan Eminönü’nde (şimdi Galata Köprüsü yakınındaki liman) inşa edilmesine karar verilmiştir.
Mısır Çarşısı 17. yüzyılda ‘’Yeni Çarşı’’ ve ‘’Valide Çarşısı’’ adları ile anılmıştır. Adı, Mısır’dan gelen baharat ve diğer eşyaların satılmaya başlamasıyla 18. yüzyılda değişmiştir.
1874’te İtalyan roman yazarı Edmondo de Amicis tarafından yazılan Konstantinopolis isimli seyahatnamede yazar Mısır Çarşısı'nı şöyle anlatır: “İçeriye girer girmez, insanın burnuna öyle keskin bir koku çarpar ki, neredeyse insanı yere devirir. Burası, Hindistan, Suriye, Mısır ve Arabistan’dan gelen her türlü baharatın dolanarak, küçük elleri ve yüzleri boyayan, evlere, hamamlara, ağızlara ve sakallara güzel kokular veren, bitkin paşaları canlandıran, mutsuz evliliklerin etkililerini dindiren tazeleyen, muhteşem şehre hayal ve keyif dağıtan esansın, hap, toz ve merhem haline döndüğü Mısır Çarşısı’dır. Çarşıda biraz yürüyünce insan sersemlemeye başlar ve hemen uzaklaşır oradan; fakat bu sıcak ve ağır havayla, sarhoş edici kokuların tesiri, açık havaya çıkınca bile, bir müddet devam eder ve zihninizde Şark’ın en mahrem ve en manalı izlerinden biri olarak dipdiri kalır.”
